集体企业所得税是由原工商所得税演变而来的。

　　1950年中央人民政府政务院公布的《工商业税暂行条例》包括营业税和所得税两部分，规定除国营企业外，所有的工商企业的所得都应缴纳所得税。当时所得税的纳税人主要是私营企业和城乡个体工商业户，集体企业所占比重很小。为了贯彻国家对资本主义工商业利用、限制、改造的方针，所得税实行21 级全额累进税率，最低一级全年所得额未满300元的，税率为5%，最高一级全年所得额在1万元以上的，税率为30%。对各种形式的集体企业，本着区别对待的原则，在执行统一所得税率的基础上，给予适当减免税优惠。

　　1958年工商税制改革，把工商业税中的营业税部分与商品流通税、货物税、印花税合并为工商统一税，保留了原工商业税中的所得税。所得税成为一个单独的税种，称“工商所得税”。因为对私营工商业的社会主义改造基本完成，城乡个体工商业户也大部分组织起来，所以集体企业成为主要纳税人。

　　1963年，国务院颁布了《关于调整工商所得税负担和改进征收办法的试行规定》，根据“个体经济要重于集体经济，合作商店要重于手工业合作社、交通运输合作社及其他集体经济，集体经济负担要大体平衡”的原则，调整了所得税率。对手工业合作社、交通运输合作社实行8级超额累进税率；对合作商店行实9级超额累进税率，并对全年所得额超过5万元以上的部分，加成征收1～4成；对基层供销社实行39%的比例税率；对个体工商业户实行14级全额累进税率，并对全年所得额超过1800元以上的，加成征收1～4成。

　　1984年国营企业实行第二步“利改税”后，根据集体企业的发展情况和经济体制改革的要求，制定了《中华人民共和国集体企业所得税暂行条例》，国务院于1985年4月11日颁布，从1985年度起实施。集体企业所得税的纳税人包括从事工业、商业、服务业、建筑安装业、交通运输业、金融业以及其他行业的集体企业，同时，该税纳税人应是独立核算的集体企业。

　　1994年税制改革时，取消按企业所有制形式设置所得税的办法，将集体企业所得税与国营企业所得税、私营企业所得税合并，统一征收内资企业所得税。